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厂房出售涉及土地增值税清算的问题，一般按照以下步骤进行。
1、确定计税依据，土地增值税的计税依据为转让房地产取得的增值额，即转让收入减除税法规定允许扣除项目金额后的增值额。
2、扣除项目，主要包括土地成本、开发成本、相关税费等，土地成本一般按照购买土地时的价格计算，开发成本则包括建筑安装工程费用等，相关税费包括开发过程中缴纳的契税等，需要注意的是，扣除项目应符合税法规定的条件。
3、计算增值额，将厂房的售价减去允许扣除项目金额，得到增值额。
4、确定税率和税额，根据增值额的大小，确定相应的税率，然后计算税额。
5、提交相关材料，在进行土地增值税清算时，需要向税务部门提交相关的材料，如房地产评估报告、交易合同等。
6、完成清算，税务部门审核确认后，完成土地增值税的清算工作。
步骤仅供参考，具体的清算流程和规定可能因地区和政策的不同而有所差异，在进行厂房出售前，建议咨询专业的税务人员或律师，以确保操作符合税法规定并避免不必要的税务风险。